Pada bulan-bulan terakhir Perang Dunia II, Seita yang berusia 14 tahun dan saudara perempuannya, Setsuko, menjadi yatim piatu ketika ibu mereka terbunuh dalam serangan udara di Kobe, Jepang. Setelah berselisih dengan bibi mereka, mereka pindah ke tempat perlindungan bom yang terbengkalai. Tanpa kerabat yang selamat dan persediaan darurat mereka habis, Seita dan Setsuko berjuang untuk bertahan hidup.